Стоящий в scheduler батник, даже в свёрнутом режиме или hidden режиме при автозапуске отбирает фокус от активного окна и всё равно появляется на долю секунды. Проблема решается несколькими путями.

• Первый это утилита Hidden Start от замечательной команды NTWind https://www.ntwind.com, у которой много маленьких полезных утилит кстати еще есть ttps://www.nirsoft.net тоже с кучей всякий других полезняшек.
• Второй вариант это запуск из шедулера от лица админа (run whether user is logged or not).
• Третий это всякие Bat To Exe Converter
• И наконец тот, что подходит мне идеально – VBS скрипт:

Set WshShell = CreateObject(“WScript.Shell”)
WshShell.Run chr(34) & “C:\PathToYour\BatchFile.bat” & Chr(34), 0
Set WshShell = Nothing

Чисто и незаметно. Идеально