Запуск консоли под рутом докера для windows
docker exec -it --user root $CONTAINER_ID /bin/sh
docker container exec | Docker Docs
How to run bash as user root on alpine images with docker? su: must be suid to work properly - Stack Overflow
P.S. При обновлении составного docker-compose просто обновляем image при помощи docker build -t imageName -f docker/Dockerfile docker/